南通自2021年启动医保支付方式改革，三年来，实现了“医疗机构、病种数、入组结算率、医保基金”全覆盖。
一是扩大中医优势病种。出台《南通市中医优势住院病种按疗效价值点数法付费实施方案》，在前期11个试点病种基础上，新增31个中医优势病种，中医优势住院病种按疗效价值付费纳入我市DRG点数法付费管理，不设低倍率病例和差异系数，实行年终单独结算，不受DRG最高结付标准限制。
二是优化病组差异系数。通过医疗机构自身、同级别医疗机构以及上一级别医疗机构三个维度综合评估，分别设置符合医疗机构自身实际的病组差异系数，并且将系数等级由原先的一级、二级、三级共3个等级细化为三级甲等、三级其他、二级甲等、二级其他、一级共5个等级，通过“一机构一系数”病组差异系数，进一步确保了系数设置的科学性、合理性，减少了粗放式和针对性系数设置带来的公平性问题。
三是支持“三新”临床运用。首批支持12个新技术、8种植（介）入类高值耗材以及部分国谈创新药品在医院落地使用。此外，对高水平医院建设、一次住院解决双侧疾患、患者合理医疗需求等方面进行支持，年终决算相关病例按照实际发生医疗费用折算点数。
四是完善基金预付制度。积极开展医保基金预付工作，每年年初向定点医疗机构预付1个月的周转金，减轻定点医疗机构垫资压力。同时，积极发挥激励约束机制的作用，有效提升定点医疗机构业务收入以及参与改革的积极性。